Em finais do século XVI, princípios do século XVII, a instabilidade da vital comunicação entre a Ria e o mar levou ao fecho do canal, impedindo a utilização do porto (veja Porto de Aveiro) e criando condições de insalubridade, provocadas pela estagnação das águas da laguna, causas estas que provocaram uma grande diminuição do número de habitantes - muitos dos quais emigraram, criando póvoas piscatórias ao longo da costa portuguesa - e, consequentemente, estiveram na base de uma grande crise económica e social. Foi, porém e curiosamente, nesta fase de recessão que se construiu, em plena dominação filipina, um dos mais notáveis templos aveirenses: a igreja da Misericórdia.
Em 1759, D. José I elevou Aveiro a cidade, poucos meses depois de ter condenado por traição, ao cadafalso, o seu último duque, título criado, em 1547, por D. João III. Por essa razão, e a pedido de algumas pessoas notáveis da cidade, à nova cidade foi dado o nome de Nova Bragança em vez de Aveiro, por Alvará Real de 11 de Abril de 1759. Com a queda do poder do Marquês de Pombal, após D. Maria I se tornar rainha em 1777, logo esta mandou voltar a cidade à sua anterior designação.
